中小企業向け勤怠管理システムおすすめ9選(全20製品)を徹底比較！零細企業向けや勤怠管理の課題も

中小企業の勤怠管理はどうしてるのだろう…そう考える人事担当の方は少なくありません。本記事では中小企業におすすめの勤怠管理システムをご紹介。中小企業における勤怠管理の課題や、導入シェアの高い人気の勤怠管理システムもランキング形式で紹介します。

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目次

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1. 中小企業の勤怠管理の課題
2. 中小企業におすすめの勤怠管理システム9選
3. 中小企業における勤怠管理の課題
4. 中小企業が勤怠管理システムを選ぶ際の注意点
5. 勤怠管理システムの選び方
6. 業界シェアが高い勤怠管理システム人気ランキング
7. 勤怠管理をさらに効率化！関連サービスはこちら

中小企業の勤怠管理の課題

従業員数の少ない中小企業では、従業員の勤怠管理を手書きの勤務表やタイムカードで行う企業も少なくありません。しかし近年では働き方改革の促進や、勤怠管理に関する法改正など、より正確で法令遵守を徹底した勤怠管理が求められています。

また、従業員によって勤務時間が変則的だったり、テレワークの拡大により勤務時間の把握と集計が煩雑になりがちです。アナログな勤怠管理では、給与計算時の転記・計算ミスなどのヒューマンエラーのほか、従業員による不正打刻などの課題も孕んでいます。

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中小企業が勤怠管理システムを導入するメリット

従来の課題の解決策としておすすめなのが勤怠管理システムの導入です。中小企業が勤怠管理システムを導入することで、勤怠業務の効率化はもちろんのこと、法改正への迅速な対応や残業超過・長時間労働などの防止に繋がります。

また、勤怠管理システムの中には勤務状況を分析し、グラフで可視化できる製品もあります。分析されたデータから、残業やオーバーワークの多い部署や部門を把握でき、雇用状況の見直しや適切な人員配置に役立ちます。

>> わかりやすく解説｜勤怠管理システムとは？機能や導入手順・よくある失敗も

中小企業におすすめの勤怠管理システム9選

勤怠管理ソフトの多くは資料請求をすることで、運用を開始できます。これは公式サイトから検討した場合も同様です。本サイトでは複数のサービスをまとめて比較・資料請求できます。資料請求は無料なので、複数の製品を比較して自社に最適な勤怠管理ソフトを選びましょう。

人事労務もカバーする勤怠管理システム5選

人事労務もカバーできる中小企業向け勤怠管理システム一覧表

特徴	直感的な操作性で初心者でも簡単に使える	低コストで人事労務全体をカバーしたい企業に	幅広い業種や勤務形態に対応	交通費精算もまとめて行える	必要な機能をカスタマイズして使える
初期費用	あり	0円	0円	0円	0円
月額料金	300円 ×利用者数	300円 ×利用者数	2,980円〜	300円 ×利用者数	200円 ×利用者数
お試し	◯ 無料資料請求	– 無料資料請求	◯	◯	◯

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勤怠管理に特化した勤怠管理システム4選

勤怠管理に特化した中小企業向け勤怠管理システム一覧表

特徴	従業員30名までなら無料で使える	登録人数無制限の定額制 勤怠管理システム	豊富な打刻方法で 業種や雇用形態を問わず使える	万全のサポート体制で導入しやすい
初期費用	0円	0円	0円	0円
月額料金	0円〜 （30名まで）	〜9,800円 （人数無制限）	300円 ×利用者数	300円 ×利用者数
お試し	無料プラン 無料資料請求	◯ 無料資料請求	◯	◯

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【比較表】おすすめの中小企業向け勤怠管理システム

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勤怠管理システムとは

勤怠管理システムとは、従業員の出退勤や労働時間を正確に記録・管理できるソフトウェアです。主な機能として、出退勤の打刻や記録・休暇の申請や管理・残業計算・シフト管理などが含まれます。

従来の勤怠管理は、タイムカードや紙の勤務表・Excelなど手作業によるものが一般的でした。しかし、近年ではコロナによるテレワークの普及や働き方改革の促進により、多様化した働き方に対応できる正確で柔軟な勤怠管理システムが求められるようになりました。

※ 出典：総務省 情報流通行政局情報通信政策課情報通信経済室『デジタル・トランスフォーメーションによる経済へのインパクトに関する調査研究の請負』

実際にテレワークなどの多様な働き方に対応するため、多くの企業で勤怠管理システムの導入が進んでいます。総務省が公表した調査*によると、2020年度に勤怠管理ソリューションを導入している企業は29.6%と、前年度よりも1.6%上昇し、今後も上昇する見込みです。

中小企業における勤怠管理の課題

従業員数の少ない中小企業では、従業員の勤怠管理を手作業で行うこともあるでしょう。しかし、変則的な勤務や法令遵守を徹底した、正確な管理における課題も多いです。ここでは、中小企業の勤怠管理の課題を解説します。

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管理業務や集計にかかる手間と時間

勤怠管理には作業や集計にかかる手間や時間が多いです。特に近年は、テレワークの導入や働き方の多様化により、従業員の勤務状況やシフト状況の把握が困難になっています。そうなると、管理不足や計算ミスにより、正しい賃金が支払われないことにつながります。

従業員に正確な賃金を支払わないと、労働基準法に違反してしまい、訴えられると健全な職場環境の維持が危うくなってしまいます。

業務の属人化

業務が複雑化することで、勤怠管理業務は属人化します。つまり、特定の従業員1人しか業務を遂行できないと、従業員の増加や組織改変が発生した際に対応しづらいでしょう。

また、専門的なノウハウ・知識を持った人材が休職や離職すると、代行する人材を用意しなければならず、新しい人材の確保や教育に相当な時間を要することにもなります。

法改正への対応

勤怠管理を手書きやExcel（エクセル）などへのデータ入力で行っている場合、法改正の対応に時間がかかることも懸念されます。法改正への対応が遅れると、気付かないうちに法令違反となる場合があります。

仮に、法令に違反してしまうと、労働基準監督署から是正指導が入るため注意が必要です。

そもそも中小企業とは

中小企業は、業種・資本金または出資総額・常時使用する従業員の数により定義が分かれています。経済産業省が定める中小企業基本法で明記されているのは、以下の内容です。

1. 製造業、建設業、運輸業その他業種で、資本の額または出資の総額が3億円以下の会社並びに常時使用する従業員の数が300人以下の会社
2. 卸売業で、資本の額または出資の総額が1億円以下の会社並びに常時使用する従業員の数が100人以下の会社
3. 小売業で、資本の額または出資の総額が5千万円以下の会社並びに常時使用する従業員の数が50人以下の会社
4. サービス業で資本の額または出資の総額が5千万円以下の会社並びに常時使用する従業員の数が100人以下の会社

なお、常時使用する従業員の数は法律によって変わるため、勤怠管理をおこなう場合は都度正しい知識を得た上で運用が必要です。

参考：中小企業・小規模企業者の定義｜中小企業庁

零細企業とは

零細企業とは、わずかな資本や設備で経営している小さい企業のことです。明確な法的根拠はありませんが、中小企業の中でも特に規模が小さい企業という意味であり、地域密着型のビジネスモデルで展開している企業が多く存在します。

小規模事業者との違い

小規模事業者は、業種や従業員の数をもとに適用される法令によって、それぞれ定義されています。そこで適用する法令により、事業規模を照合する必要があります。

小規模事業者支援法では、「製造業その他の業種に属する事業として営むもの20人」「商業またはサービス業に属する事業5人」「政令で定める業種に属する政令で定められた人数」という内容で定義されています。

中小企業信用保険法では、常時使用する従業員数が20人以下（商業またはサービス事業のは5人以下）、政令で定められた事業は政令で定められた人数以下で特定事業を行う者、事業協同小組合の3分の2以上が特定事業を行う者であることが定義づけられています。

小規模企業共済法では、工業・鉱業・運送業その他の業種に属する事業で、常時使用する従業員の数が20人以下、商業またはサービス事業は5人以下、政令で定められた事業は、定められた人数以下と定義されています。

参考：商工会及び商工会議所による小規模事業者の支援に関する法律｜衆議院

参考：中小企業信用保険制度の概要｜日本政策金融公庫

参考：小規模企業共済制度について｜中小企業庁

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中小企業が勤怠管理システムを導入するメリット

勤怠管理を一括で行える勤怠管理システムは、作業工数の簡略化や正確な勤怠時間の計算などでいくつかのメリットが得られます。ここでは、中小企業が勤怠管理システムを導入するメリットを解説します。

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業務の効率化

勤怠管理システムは、従業員の情報や勤怠状況をシステム上で管理できるため、シフトの調整や勤怠時間の計算が不要になり、業務が効率化します。また、他のシステムとの連携時も、確実なデータをもとに給与計算するため、正確な賃金の振込が可能です。

コスト削減

勤怠管理システムの導入により、それまで必要だった入力作業や管理業務が簡略化されて、コスト削減につながります。例えば、作業に費やしていた時間や人件費を削減したり、他の業務に回したりできます。

また、タイムカードや出勤簿を新たに購入する必要がなくなるため、全体的な費用・コストの削減になるでしょう。

法改正・組織変更に対応できる

勤怠管理システムは、法改正に応じて自動的にアップデートされます。そのため、法改正があった場合は迅速に法令に合わせた勤怠管理が可能になります。

また、組織変更が予定されている場合、変更する日付を指定しておくことで、スピーディーに新しい勤怠管理への移行が可能です。こういった機能により、急な設定の変更に追われることがないため、組織変更にも落ち着いて対応できます。

人事戦略への活用

勤怠管理データは、人事戦略にも活用できます。勤怠状況を分析・可視化することで、各部署や部門、時期や習熟度に応じた課題が洗い出せるでしょう。

例えば、残業が多い部署や実際に業績が芳しくない部署を照合して、今後採用する人材の検討や人員配置の見直しに活用できます。

中小企業が勤怠管理システムを選ぶ際の注意点

勤怠管理システムにはメリットが多いですが、導入する上での注意点も存在します。ここでは、中小企業が勤怠管理システムを選ぶ際の注意点を解説します。

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従業員の就業形態に対応できるか

専門的な人材を少数精鋭で採用することが多い中小企業では、さまざまな雇用形態で従業員を雇っていることも多いでしょう。例えば、シフト制だったり、フレックスタイム制だったり、それぞれの雇用形態・就業形態に合わせて、細かく勤怠管理を行うのは大変です。

そこで、正社員・契約社員・パートなど、就業形態に対応した勤怠管理システムを導入することで、形態が異なる従業員でも一括で勤怠管理を行うことができます。さらに、GPS機能を使用した、スマホ打刻やICカード打刻などを搭載しているシステムもあります。

よって、勤怠管理システムを選ぶ際には、こういった従業員の雇用形態・就業形態に柔軟に対応できるシステムを選びましょう。

ワークフロー機能を搭載しているか

勤怠管理には期間限定の就業方法があります。例えば、夏季休暇や有給休暇、残業申請などが含まれます。そういった勤務方法に関して、社内で独自の承認フローを要している企業も少なくありません。

そこで、近年のテレワーク化にも対応したワークフロー機能を搭載する勤怠管理システムを選ぶことで、大幅な承認フローの削減が可能となります。社外でも、スマートフォンから申請・承認業務を行いたい企業は、このワークフローツールも検討のポイントとしましょう。

給与システムなどと連携できるか

現在、社内で給与システムや労務管理システムを使用している場合、それらと連携可能な勤怠管理システムを選ぶことが重要です。なぜなら、今まで手作業で情報を転記していたものが、システムの連携によって不要になり、さらなる業務の効率化につながるからです。

なお、連携方法に関しては、専用のアプリをダウンロードしたり、CSVファイルを使用したりする場合があるため、導入前にシステム同士の連携方法に関しても十分に確認するようにしてください。

勤怠管理システムの選び方

勤怠管理システムを選ぶ際には、まず勤怠システム導入に対する効果や解決したい自社の課題を明確にしてから、システムを選びましょう。

前提｜勤怠管理に関する自社の課題を整理する

勤怠管理システムを比較する際に、まずは勤怠管理に関する自社の課題を整理しましょう。

一口に勤怠管理システムと言っても「対応している打刻方法」や「機能の柔軟性」「連携できるシステム」などが各社の製品で異なります。そのため自社の勤怠管理に関する課題を整理することで、必然的に必要な勤怠管理システムの特徴が見えてきます。

提供形態

勤怠管理システムの提供形態は「クラウド（SaaS）型」と「オンプレミス型」の2種類に分けられます。

クラウド型は、インターネット経由でシステムにログインできる勤怠管理システムです。インターネット接続があればどこからでもアクセス可能なため、テレワークにも対応しやすいです。導入コストが低く手軽に始めやすいので、近年主流の勤怠管理システムになっています。

オンプレミス型は自社のサーバーにソフトウェアをインストールして管理する勤怠管理システムです。初期費用や導入コストがかかるものの、セキュリティが高く機能性にも優れているので、長期的に見てコストが安い勤怠管理システムとも言えます。

クラウド型とオンプレミス型がどちらに適しているかは、企業規模や就業形態・予算・セキュリティ対策などによって異なります。基本的に初めて勤怠管理システムを導入するという企業はクラウド型からの運用をおすすめします。

打刻の方法やツール

従業員の勤怠状況に適した打刻方法を採用している対応しているシステムを選ぶことも重要です。例えば、店舗での接客業や工場などは決まった時刻に出社するため、入退室方式の打刻が適しています。

一方、現場への直行直帰が多い場合やリモートワークを導入している場合は、社外での打刻にも対応していることが必須条件となります。スマホなどでログインして出退勤打刻を行うものや、GPS機能を備えたものなどさまざまな打刻方法の中から自社に適したものを選ばなければなりません。

打刻方法が合っていないと正確な勤務状況を記録できず、確認作業や個別対応が発生し労務管理の負担が増えてしまいます。また、打刻の不正にも繋がるため、よく確認してから導入しましょう。

モバイルGPS打刻

モバイルGPS打刻とは、従業員がスマートフォンなどの端末を使って出退勤打刻を行う際、GPSの位置情報を同時に取得できる機能です。出退勤の情報だけでなく、打刻した時点でどこにいたかの勤怠情報を記録できるのが特徴です。

外回りなど社外での勤務を行う機会が多いと、実際に何時から勤務を開始しているか把握しにくい場合があります。モバイルGPS打刻機能のあるシステムを使うと、打刻の時点で取引先に到着しているかなどの情報を把握できます。

モバイルGPS打刻は、直行直帰型のサービスや長距離ドライバーなどの勤怠管理が難しいとされてきた業種にも対応できる新たな勤怠管理方法として注目を集めています。一方で、従業員が心理的な負担を感じやすい面もあり、配慮が必要となる場合もあります。

生体認証打刻

生体認証打刻とは、スマートフォンの顔認証や指紋認証と同様に、体の一部を認証に使用して勤怠打刻を行うことです。IDカードやタイムカードのような紛失リスクがなく、他人が代わって打刻を行うなどの不正を防止できます。

瞳の虹彩や網膜に加え、指や掌の静脈で認証を行うものなどさまざまな種類があります。パスワードの入力などに比べて高い認証効果を得られる一方で、従業員側が生体情報を取得されることに抵抗を感じる場合もあります。

ICカード打刻

ICカード打刻とは、専用のカードリーダーとICカードを用いて勤怠打刻を行うシステムです。ICカードをかざすだけで打刻が完了する非接触タイプのものが多く、スムーズに出退勤打刻を行えます。

ICカード打刻はカードを配布するだけで手軽に導入できますが、カードの紛失には注意が必要です。

入退室管理システム連動打刻

入退室管理システム連動打刻とは、入退室の記録と出退勤の打刻を連携できる打刻方法です。出退勤の打刻を行う前後にサービス残業を行うなど、実労働時間と申告内容の乖離を防ぐ効果があります。

入退室管理システムはオフィスの扉などに設置されるものや、扉の施錠・解錠で記録が行われるものなど種類が豊富です。建物や設備の状況によっては取り付けが難しい場合もあるので、事前の確認をおすすめします。

必要な機能とカスタマイズ性

勤怠管理システムによって搭載されている機能は大きく異なります。勤怠管理に関する自社の課題を解決してくれる機能があるか、またその機能が就業規則に沿って細かく設定できるのか、必要な機能とカスタマイズ性を確認しましょう。

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法改正への対応

勤怠管理システムを導入するには、労働関連の法改正に対応していることも必須の条件となります。常に最新の法改正にアップデートしてくれるシステムなら、超過勤務のルールや残業単価の計算方法などに変更があった場合も自動で対応してくれます。

働き方改革によって勤怠管理に求められる条件が厳しくなり、残業時間の超過によって罰則が課される場合もあります。残業時間超過アラートなどの機能を備えたシステムを選ぶことで、リスクを事前に回避できます。

操作性とサポート体制

勤怠管理システムは使用頻度が高いため、使いやすさやわかりやすさなどの操作性は、従業員や担当者にとって重要なポイントです。全く同じ機能を備えていても、表示がわかりにくく打刻を間違えてしまっては管理に負担がかかってしまいます。

出退勤時刻の打刻だけでなく、勤怠データの取り込みやシステム連携などの複雑な操作が簡単にできるかどうかも確認しておきましょう。休暇の申請や残業時間などの確認をスムーズに行えるかどうかもチェックするべき項目です。

また、通常と異なる操作や対応が必要になったとき、サポート体制が充実しているシステムならスムーズに問い合わせできます。万が一の故障や不具合があったとき、どのようなサポートが受けられるのかを事前に確認しておくと安心です。

給与計算など他システムとの連携

勤怠管理システムは給与計算や労務管理システムと連携させることで、更なる効率化に繋がります。現在利用している他サービスがある場合は、それらのサービスとなるべく加工をせずに連携できるものを選びましょう。

システムのセキュリティ

勤怠管理システムは従業員の個人情報を管理します。安全で安定した稼働をするためにも、データ通信の暗号化や自動バックアップの有無など、セキュリティ対策を確認しておきましょう。

無料トライアルがあると操作性を確認しやすい

一度導入した勤怠管理システムを変更する場合、従業員への周知や業務フローの変更など多くの労力がかかります。慎重に導入を進めたいなら、実際のシステムをお試しで利用できる無料トライアルがおすすめです。

無料トライアルの期間はシステムによって異なりますが、1ヶ月や2ヶ月などのものを選ぶと月次の処理を一通り体験できます。トライアル期間の長さにも注目して選んでみましょう。

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業界シェアが高い勤怠管理システム人気ランキング

ここでは、株式会社PIGNUSが行った調査結果*を元に、業界シェアの高い勤怠管理システムをランキング形式で紹介します。勤怠管理システムを検討する際に、ぜひ役立ててください。

※株式会社PIGNUS「クラウド勤怠管理システム市場シェア調査」

※出典元：FitGap

1位：ジンジャー勤怠

ジンジャー勤怠はシンプルなUIと画面表示で誰でも簡単に勤怠管理が行えます。勤務実績や申請等を一覧で確認できるため、従業員の未打刻や遅刻・早退・申請の承認漏れに対して迅速に対応できます。

株式会社PIGNUSの調査によると、勤怠管理システムを導入している企業の9.8%はジンジャー勤怠を利用しています。個人事業主や中小企業・大企業の利用率も高く、企業規模を問わず幅広く利用できる人気の勤怠管理システムです。

▶️ 調査結果の内訳はこちら

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シリーズ累計登録社数 18,000社！ 無料!!資料を無料ダウンロード

2位：ジョブカン勤怠管理

ジョブカン勤怠管理システムは、シリーズ累計導入実績25万社を超える勤怠管理システムです。出勤管理やシフト管理など4つの機能から自由にカスタマイズして利用できるほか、無料プランも提供しているので、企業規模や勤務形態を問わず利用できます。

株式会社PIGNUSの調査によると、勤怠管理システムを導入している企業の9.5%はジョブカン勤怠管理を利用しています。中でも中堅企業の利用率が高く、シリーズ連携やSlack連携など豊富な連携機能でバックオフィス全体をサポートできるため、法人向けの勤怠管理システムとして特におすすめです。

3位：TimeProシリーズ

「TimePro-VG」や「CYBER XEED」「CLOUZA」など複数の勤怠管理システムを展開するTimeProシリーズは、企業規模や費用に合わせて複数のラインナップから選択できるのが特徴です。

株式会社PIGNUSの調査によると、勤怠管理システムを導入している企業の8.3%はTimeProシリーズを利用しています。TimeProシリーズは特に大企業や中堅企業など法人での利用率が高く、正社員やパート・アルバイトなどの雇用形態や、変形労働時間制・フレックス勤務などの複雑な就業管理にも対応しています。

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まとめ

中小企業は、大企業と違い従業員が少ないため、勤怠管理はソフトへの手入力などで行われていることが多いですが、作業効率の悪さや、正確性を求められる担当者の業務負担の多さなどの課題があります。さらに、法改正が生じた場合も、対応に時間がかかるでしょう。

そこで、勤怠管理システムを導入することで、管理の一括化や迅速なアップデートによる法改正が行えます。その結果、作業効率が大幅に上がることで従業員の満足度も向上し、勤怠データを活用すれば、人員配置の見直しができるメリットもあります。

中小企業が勤怠に関する業務を効率化したい場合は、勤怠管理システムを導入し、効率よく正確な労働時間を把握して、従業員の満足度を高めていきましょう。

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