ECサイト構築に活用できる補助金|IT導入補助金対象外の理由も解説

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- 2024年度から、ECサイトの構築にかかる費用はIT導入補助金の対象外となった
- ECサイトの構築には、小規模事業者持続化補助金や事業再構築補助金などが利用できる
- 補助金は、採択から入金までに1〜2ヶ月の期間がかかるため、計画的に利用する
2024年度のIT導入補助金では、ECサイトの構築は対象外になりました。しかし、IT導入補助金以外にもECサイト構築に活用できる補助金は多いです。本記事では、ECサイト構築がIT補助金の対象外になった理由や、代わりに活用できる補助金などについて解説します。
目次
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IT導入補助金2024ではECサイトの構築は補助対象外

IT導入補助金は、中小企業や小規模事業者などが業務の生産性の向上を目的として、業務効率化やDXなどを目指して ITツールの導入を支援する補助金です。
2023年まではIT導入補助金は、ECサイトの構築も補助の対象になっていましたが、2024年度ではECサイトの構築は対象から外されました。
本記事では、IT導入補助金2024でECサイト構築が対象外になった理由や、ECサイトの構築に活用できる補助金、補助金を活用する注意点について解説します。
ECサイト構築が対象外になった理由
2023年までは、ECサイトの構築はIT導入補助金の「デジタル化基盤導入類型」で申請が可能でした。この申請枠では、EC関連のソフトウェア全般が対象となっていましたが、2024年度に申請枠自体が廃止となりました。
新たに「インボイス枠」が創設されましたが、ツールの導入が対象となり、ECサイトの構築は対象から外されています。そのため、2024年度のIT導入補助金では、ECサイトの構築を目的とした申請ができなくなりました。
参考:IT導入補助金2025
ECサイトの構築に活用できる補助金

IT導入補助金2024では、ECサイト構築は対象外となりましたが、2025年時点で他の補助金は活用することが可能です。ここからは、ECサイトの構築に活用できる補助金について解説します。
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ECサイト構築にはIT導入補助金の活用がおすすめ
小規模事業者持続化補助金
「小規模事業者持続化補助金」とは、小規模事業における市場開拓や販路拡大、生産性向上を図るための経費を補助する制度です。具体的には、人手をかけずに販売を伸ばすサービスの導入や、ECサイト構築が該当します。
主な対象者としては、従業員が20人以下の法人・個人事業主となっており、商業・サービス業(宿泊業・娯楽業を除く)の場合は5人と設定されています。
ECサイトの構築を目的とする場合、ウェブサイトの関連費が補助対象の経費となります。しかし、ウェブサイト関連費の補助率は1/4であり、ウェブサイト関連費のみでの申請はできません。小規模事業者補助金の申請を検討している場合は、この点に留意しましょう。
参考:小規模事業者持続化補助金
事業再構築補助金
事業再構築補助金とは、新型感染症における変化に対応するために、新分野展開や事業転換、事業再編という思い切った事業再構築に挑戦し、意欲を示す中小・中堅企業、個人事業主などに経済的な支援をする制度です。
事業再構築補助金の申請には、再構築のための具体的な事業計画などが必要となります。補助金の上限額は、申請枠や従業員数の規模によって異なり、20人以下では2,000万円、101人以上では7,000万円となっています。補助率は、中小企業は1/2・中堅企業は1/3です。
参考:事業再構築補助金
ものづくり補助金
ものづくり補助金とは、「ものづくり・商業・サービス生産性向上促進補助金」の略称であり、生産性向上のための革新的なサービスの開発や、生産プロセス改善のための設備投資などの支援を目的とした制度です。
ECサイトの構築を目的とする場合、「通常枠」にて申請を行います。補助金の上限額は従業員規模によって異なり、5人以下の場合は750万円以内、21人以上の場合は1,500万円以内となっています。
各自治体の補助金
都道府県や地方の自治体などでも、さまざまな補助金制度が設けられています。居住地域の自治体や商工会議所などにおいても、独自に補助金制度を利用できる場合があります。
例えば、東京都中央区では、区内に本社・本店・主たる事業所を有する中小企業者が初めてECサイトを構築する場合に限り、費用を補助する制度があります。
また、秋田県美郷町では、美郷町産品の販路拡大・地域産業の振興を図るため、町内中小企業または個人事業主がインターネットを利用した販路開拓を行う環境整備に要する費用の一部を補助する制度があります。
このような事例があるため、ECサイト構築に利用できる補助金制度を探して活用できるか確認しましょう。
参考:美郷町インターネット販売販路開拓支援事業補助金|秋田県美郷町
補助金を利用する際の注意点

補助金を利用する際は、知っておきたい注意点があります。これらを十分考慮することで、スムーズな補助金の申請に繋がるでしょう。ここからは、補助金を利用する際の注意点について解説します。
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補助金を利用する際の注意点
補助金の申請には手間と時間を要する
補助金の申請には必要な書類が多く存在し、それらを用意することに手間がかかります。また、利用したい補助金によっては事業計画の策定を行う必要もあるため、大きな時間と労力を要します。
さらに、申請後も虚偽が無いかといった内容の確認が細かく行われます。そのため、採択から補助金の入金までに1〜2ヶ月の期間がかかることが一般的であることから、申請スケジュールをしっかり立てることが重要です。
後払いであることを把握しておく
補助金の多くは後払いである点にも、注意が必要です。事業に必要な投資総額は、先に自社で用意しておく必要があります。例えば、500万円かかる事業で1/2の補助金がある場合は、500万円を先に払い、あとで250万円を受け取る形になります。
実際に投資・開発が進んでから入金されるものであるため、そもそも手元の資金が少なすぎる場合は、補助金を利用することはできません。
審査に落ちる可能性もある
補助金は、採択件数や予算があらかじめ決められていることが多く、申請における基準を満たしている場合でも審査に落ちる可能性があります。また、補助金の審査は厳しく行われるため、事業の必要性や成長性を見込めない場合も、審査を通過するのは難しいです。
したがって、実績豊富な専門家などに依頼をして、事業をよりアピールした書類を作成することがポイントです。
会計検査を受ける可能性がある
補助金を利用すると、会計検査院による検査が入る可能性があります。会計検査院は国の収入支出を検査する行政機関ですが、補助金など国の財政援助を受けている企業も検査対象に含まれます。
会社の収入支出について適切な事務処理を行っていれば特に問題ありませんが、不正と疑われるような問題があると、指摘を受けてしまいます。
普段の会計業務を正確に行うことは補助金の使用有無に関わらず重要ですが、補助金を利用する際は検査の可能性があることに留意しましょう。
参考:検査の対象|会計検査院
不正受給に気をつける
当然のことですが、補助金の不正受給は絶対に行ってはいけません。不正受給すると、受け取った補助金を返還するだけでなく、加算金や延滞金が課されることもあります。また、社会的信用を失ったり、悪質な場合には刑事告発されたりするリスクもあります。
申請時に虚偽の内容を記載して多く受け取ることはもちろん、指定された目的以外に補助金を使用することや、受給後の活動や結果を偽って報告するなども不正受給に該当します。不正受給のトラブルを防ぐためには、事前にルールや条件をよく確認することが重要です。
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ここが少し気になる…
- フリープランは手軽に導入できる反面、使える機能が少ない
まとめ

2024年度のIT導入補助金では、「デジタル化基盤導入類型」の廃止によってECサイトの構築が対象外となりました。しかし、IT導入補助金以外にもECサイトの構築を目的に活用できる補助金が多くあります。
ただし、それぞれ事業規模や申請枠によって補助限度額は異なるため、自社のニーズに合った補助金を選ぶことが重要です。また、補助金の申請には、多くの書類を用意する必要があるため手間や時間がかかりやすく、審査に落ちる可能性も考えられます。
そのため、補助金を利用する際は、申請スケジュールをしっかりと立てることや専門家を頼ることがポイントです。本記事を参考に、補助金を上手に活用してECサイトの効果的な構築を目指しましょう。
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